历史上并没有任何证据证明二人有过矛盾。只是二人都曾经是“混鲲祖师”的弟子。“混鲲祖师”弟子无数，而让他最得意的两大弟子，便是如来(又名“接引道人“）和菩提祖师(又名“准提道人“）所以两位圣人是同门师兄，且《封神榜》中曾经略提到过，说二弟子准提道人（也就是说菩提祖师），其间不知与接引道人（如来）间发生了什么变故，却神秘消失，从此再不闻踪迹。所以民间传闻二人之间有矛盾。

先说答案，菩提祖师实乃通天教主，道教三清之一，鸿钧老祖的三徒弟！所以，菩提祖师跟如来没什么关系，不过法力更要高过如来!

西游记中，孙悟空的第一个师傅菩提老祖的身份一直是一个谜，就像凭空出现一样，教会了孙悟空大闹天宫的本领之后就消失不见了。最关键的是，这样一个厉害的神仙，三界之中竟然没有神仙知道，如来都说“我西牛贺州虽无上真”。那么菩提老祖真的就一点马脚没露过吗？

其实对于菩提老祖的身份，有一个最大的破绽!

这个破绽就在当年樵夫的一句话上。当年孙悟空拜师学艺，樵夫曾说过，“那祖师出去的徒弟，也不计其数，见今还有三四十人从他修行。”然后给孙悟空指了条上山的明路，孙悟空才有机会找到神仙的山门的。

但是，当孙悟空学艺有成下山之后，最大的问题来了。樵夫曾经说的，菩提祖师那里学成出去的徒弟去哪了？孙悟空在菩提老祖那里真正学艺的时间不过三年，前面的七年就像小说中的废柴男主，在师门学些打杂的事情而已。

但是，三年就够孙悟空脱胎换骨了。这里面固然有孙悟空天赋异禀的原因，但是也能看出菩提老祖的因材施教，善于教徒弟。那些能达到下山标准的徒弟自然不可能是无名之辈，但是孙悟空为什么一个都没碰到过呢？

其实可以结合另一部小说来看，当年封神之战中，有一个神仙门徒众多，但最后失败逃跑，隐居人间。而且法力高强，和三清四御五老等人水平相仿，这个人就是通天教主！

孙悟空为什么没遇到过自己的同门师兄弟？因为通天教主是失败者，而那些被封神的通天门人，也不过只剩下元神而已，根本不敢提起这个三界中的禁忌存在的名字。也只有通天教主，才会对自然形成的精怪格外看重，哪怕知道孙悟空要惹祸，还收他为徒。

当年姜子牙封神，玉帝手下的众多神仙都是通天门人，通天教主的存在一直是玉帝心中的刺，让玉帝连觉都睡不好。另一方面，如来当年曾联手大破诛仙阵，也是通天教主的敌人，现在灵山门徒众多，如果通天教主真的乱来的话，恐怕灵山要倒霉，如来也会气得发抖。

归根结底，赢家只有元始天尊，作为三界至尊，可以随心所欲，不用隐姓埋名，对于西天取经也就笑笑看看热闹，根本不屑于。

菩提祖师是准提道人，是如来佛祖的师弟。两人曾经共同执掌西方教。后来如来修成丈六金身，建立佛教，把西方教吞并。菩提祖师也从此隐居山林，将高山命名为“灵台方寸山”，与“天竺灵山”相对。以后自立道观修身养性，除了山中居民，没人知道他的住处。就是那如来，也不知道自己的师弟身在何方。更不知西牛贺洲还有仙人存在。

如来曾这样评价西牛贺洲：“我西牛贺洲者，不贪不杀，养气潜灵，虽无上真，人人固寿”（见《西游记》第八回）。可见，同处西牛贺洲的如来，却不知菩提老祖的存在。由此可知，菩提可以避开如来的法眼,菩提道行一点都不逊色于如来。